Aula del Mar de Málaga es una entidad comprometida con la educación y participación en la conservación de los recursos naturales y en la mejora de la calidad ambiental y de vida, desde la sostenibilidad y la solidaridad. Sus actividades cubren aspectos tan diversos como la gestión de un museo temático del mar de Alborán, educación ambiental para la comunidad educativa y público en general, campañas de sensibilización y concienciación, formación medio ambiental, acuicultura, asesoramiento ambiental, investigación y publicaciones científicas.
El Campus de Excelencia Internacional Global del Mar, CEI·Mar, y el Aula del Mar de Málaga firmaron en junio de 2019 un protocolo general de colaboración para desarrollar proyectos de interés mutuo en temas relacionados con el medio marino: prestar servicios de asesoramiento científico-técnico y apoyo tecnológico en cuestiones relacionadas con la actividad de ambas entidades; producir de forma conjunta materiales audiovisuales sobre fauna y flora marina, dinámica litoral y utilización del mar como fuente de recursos; promocionar la relación con el sector pesquero malagueño; divulgar actividades de interés mutuo, entre otras actividades consideradas de interés mutuo.
El acuerdo de colaboración, firmado en Málaga por parte la presidenta de la Sociedad Cooperativa Andaluza Aula del Mar, Cristina Moreno Fernández, y del entonces coordinador general del CEI·Mar, Juan José Vergara Oñate, comparte objetivos en relación con la docencia, la investigación y el desarrollo científico y tecnológico y consideran que pueden abordarse las actividades propias de cada institución de forma más adecuada mediante la realización de acciones comunes. Según este convenio, ambas entidades podrán acordar y afrontar la realización de cursos, seminarios, actividades docentes, actividades investigadoras, colaboración de su personal; integrándolo en su propia actividad, académica, profesional o empresarial.
Para estos fines se creó una comisión de seguimiento, de composición paritaria, integrada por dos representantes de cada una de las instituciones, que será el órgano encargado de planificar, potenciar, controlar y evaluar los proyectos que se determinen, de interpretar este protocolo y los convenios específicos que se celebren. Esta comisión de seguimiento está constituida por los representantes de la Fundación CEI·Mar; el coordinaor general de CEI·Mar, Juan José Muñoz Pérez; el coordinador CEI·Mar en la Universidad de Málaga, Enrique Moreno Ostos; y por parte de la Sociedad Cooperativa Andaluza Aula del Mar de Málaga, Juan Jesús Martín Jaime y José Luis Mons Checa.