El CEI·MAR impulsa y apoya a la consecución y desarrollo de proyectos internacionales, especialmente los incluidos dentro del programa europeo de investigación e innovación Horizonte 2020. La Fundación CEI·MAR es el órgano natural de apoyo en la elaboración de propuestas interinstitucionales, al ser el marco de interconexión Ciencia, Tecnología y Empresa. Junto a la Delegación en Bruselas y la oficina de la Fundación, las oficinas de proyectos europeos de las universidades integrantes prestan también apoyo a las iniciativas de los investigadores. Las siguientes webs proporcionan el acceso a dichas oficinas:
Oficina de proyectos de la Universidad del Algarve
Oficina de proyectos Europeo de la Universidad de Almería
Oficina de proyectos Europeo de la Universidad de Cádiz
Oficina de proyectos Europeo de la Universidad de Granada