La estructura de gobernanza de CEI·MAR debe articular las relaciones entre 14 instituciones, cada una de las cuales presenta singularidades muy específicas y se integra en diversas instancias de la organización territorial; lo que implica un régimen de competencias estatales muy diferentes y unas formas de actuación y de relación variadas y complejas.
Las oficinas de coordinación de CEI·MAR, organizan el trabajo de gestión técnica y ordinaria de CEI·MAR, bajo la ordenación de un coordinador técnico CEI·MAR en cada universidad. Todas las oficinas actúan bajo la coordinación de la oficina central, situada en la Universidad de Cádiz. Al frente de todas ellas se encuentra, ejerciendo la dirección académica y orgánica de CEI·MAR, el coordinador general de CEI·MAR.
El refuerzo del modelo de gobernanza del campus ha venido dado por la creación de Fundación CEI·Mar, siendo su Patronato, el órgano de gobierno, administración y representación a máxima responsabilidad en la adopción de las decisiones de la Fundación, a través de los planes anuales de actuación (instrumento legal de cumplimentación obligatoria para las fundaciones). La Presidencia del Patronato la ejerce el Rector de la Universidad de Cádiz y lo componen los rectores de las universidades y los presidentes de las OPIs promotoras, actuando con el apoyo de su Secretario. La gestión ordinaria de los asuntos y la ejecución de los acuerdos del patronato se confía a la Comisión Ejecutiva y al Director Gerente de la Fundación.
La definición del modelo de gobernanza del Campus ha permitido el establecimiento de un sistema de ‘Comisiones Interinstitucionales de áreas temáticas‘, a las que se confía la dinamización de las actividades académicas, científicas, de transferencia y de contenido social propias del Campus. Las comisiones interinstitucionales creadas son: de Investigación, de Docencia, de Internacionalización, de Comunicación, de Transferencia y de Infraestructuras.
Centro de Arqueología Subacuática del Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico
Consejo Superior de Investigaciones Científicas
Instituto Español de Oceanografía
Instituto Hidrográfico de la Marina
Instituto de Investigación y Formación Agraria y Pesquera
Museo Nacional de Arqueología Subacuática
Real Instituto y Observatorio de la Armada
